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Début 1939, les exigences de la carrière l’obligent à rejoindre Chartres le 21 janvier comme préfet d’Eure-et-Loir. C’est un poste enviable à proximité de Paris. Il y retrouve les problèmes agricoles auxquels il a déjà été familiarisé. A la veille des périls, Jean Moulin avec sa mère et sa sœur Laure, passe le week end du 15 août à Londres. Il n’a pas voulu s’éloigner de son département plus longtemps en raison de l’aggravation de la situation internationale avec l’invasion de la Pologne. Le 3 septembre, la France à la suite de la Grande-Bretagne, déclare la guerre à l’Allemagne. La mobilisation s’effectue sans difficulté en Eure-et-Loir.
Sans charge de famille, Jean Moulin estime que son devoir est de servir sous les drapeaux. Il s’efforce de se faire mobiliser dans l’armée de l’Air. Depuis le 28 mars, il a été placé en affectation spéciale par le ministre de l’Intérieur car il est jugé plus utile à son poste. Il est incorporé au bataillon de l’Air boulevard Victor à Paris, le 13 décembre, pour compléter sa formation militaire d’élève mitrailleur en vue d’une affectation ultérieure à une unité du front. Mais le ministre, Albert Sarraut le prie de rejoindre son poste à Chartres pour une durée indéterminée le jugeant comme l’un des meilleurs préfets de France.